Dopo la laurea in Filosofia e Medicina a Bologna, vi insegnò Logica e Medicina Teorica.Nel De recentiorum medicorum studio, dissertatio epistolaris ad amicum (stampato sotto falso nome nel 1689) attaccò l'attivitò dei medici sperimentatori, sostenendo che "l'anatomia è inutile ai praticanti" e provocando la reazione del Malpighi che, pur essendo solitamente restio a ribattere alla provocazioni degli avversari, pubblicò una risposta scritta.
La polemica andò avanti anche dopo la morte del medico di Crevalcore (1694). In uno scritto del 1704 lo Sbaraglia continuava ad affermare di non credere a tutto quello che gli osservatori asserivano di scorgere attraverso il microscopio.
Il suo astio, tuttavia, non era soltanto di natura scientifica, ma era legato ad una controversia sui confini tra i poderi che le famiglie Sbaraglia e Malpighi possedevano a Crevalcore che era addirittura sfociata in un fatto di sangue: nel 1659 il fratello di Malpighi, Tommaso, aveva ucciso nel corso di una lite un fratello dello Sbaraglia. Marcello riuscì salvare suo fratello dalla condanna a morte, ma non a spegnere nella famiglia antagonista il desiderio di vendetta.